Согласно данным паспорта модернизации БАМа и Транссиба, программа развития данных магистралей может подорожать на 10,5% и составить 621 млрд. рублей.
В середине 2013 года ОАО «РЖД» согласовало необходимую для развития БАМа и Транссиба сумму в размере 562 млрд. рублей, из которых компания брала на себя 302 млрд. рублей, 150 млрд. рублей ожидались со стороны Фонда национального благосостояния, а 100 млрд. рублей – из бюджета.
Причина увеличения стоимости модернизации состоит в том, что в программу было включено сооружение ветки Междуреченск-Тайшет за 40 млрд. рублей, а также расширение подходов к Кузбассу. Предполагается, что дополнительные расходы в размере 26,2 млрд. рублей возьмет на себя бюджет, а расходы ОАО «РЖД» увеличатся лишь на 3,2 млрд. рублей.